自動でFirefox44.0に更新されたところ、以下のように、拡大しているときのテキストエリア入力でIMEのポップアップ位置がずれるという現象が発生しました。
Firefox47で修正されたことを確認しました。
環境依存のバグかはわかりませんが、プロファイルを作り直して、新しいプロファイルで実行しても同様に発生したので、アドオンが原因ではなさそうです。
（私が利用しているIMEはATOKです。32bit版、64bit版同様に発生しました。）
非拡大時にはこの現象は起こらないので、拡大時のIME表示位置計算が何かミスっているんだと思います。
Firefox43.0.4に戻したところ、この現象は消えたので、もし、同様の現象が発生し、困っている方がおられましたら、直るまでは前バージョンに戻しておくと良いと思います。（自動更新を切ることも忘れずに）
拡大機能なんてあまり誰も使わないのかねぇ？
目が悪い私は拡大しまくってるんだけど。
ところで、Firefoxの悪手のせいでKeysnailの寿命が近いという話は本当なんですかね……？
追記
会社のPCでも試したところ同様の現象が発生することを確認しました。
会社のIMEはマイクロソフト純正です
